中国水产科学研究院长江水产研究所是我国最早建设的水产科学重点研究机构之一，隶属于农业部，于1958年在南京成立，起初命名为中华人民共和国水产部长江水产研究所，1965年9月由南京迁至湖北省沙市市（现荆州市），1970年、1978年、1982年先后更名为湖北省长江水产研究所、国家水产总局长江水产研究所、中国水产科学研究院长江水产研究所沙市分所，1984年后定为现名。进入二十一世纪，着眼于科研的发展战略和布局，农业部2005年第22次常务会议同意长江所在武汉设立研究中心。2011年初，长江所武汉研究中心落成投入使用，当年3月长江所完成了科研主体由荆州向武汉的搬迁。科研主体搬迁武汉标志着长江所进入到一个新的发展起点。武汉作为长江所法人所在地，将以科技创新、人才培养和学术交流为主，承担各类科研工作和公益任务。长江所荆州部分作为渔业资源保护利用中试基地，为科研提供支撑并进行成果转化，同时承担离退休人员管理、物业管理与营运等工作。 　　目前，长江所实有工作人员249人，其中编制内181人、编制外68人。现有专业技术人员149人，其中有研究员18人、副研究员29人、助理研究员84人；拥有博士学位47人、硕士学位47人、大学本科50人。有农业部农业科研杰出人才1人及团队1个，中国水产科学研究院首席科学家2人，国务院政府特殊津贴享受者12人，湖北省人民政府特殊津贴享受者4人，湖北省新世纪高层次人才工程二层次以上人选3人，博士生导师3人，硕士生导师20人。设博士后工作站。 所内科研主体由农业部淡水生物多样性保护、中国水产科学院淡水生态与健康养殖两个重点开放实验室组成，主要开展水产种质资源保存与遗传育种、濒危水生动物保护、渔业资源调查评估与水域生态环境监测保护、水产养殖基础生物学与养殖技术、鱼类营养与病害防治、水产品质量标准与检测等领域的应用基础和应用技术研究。此外，还有农业部属检测中心、渔业生态环境监测中心、野外科学观测试验站、渔业资源监测站、长江流域水生动物疫病重点实验室、新渔药临床试验基地、水产种质资源保存与良种选育中心、全国水产标准化技术委员会淡水养殖分技委等公益服务机构依托长江所。

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